“这篇文章的文有往事网技术由于恳求专利耽误了宣告，假如早多少年投出，严正员更说不定能投中Science、拖延Nature、症位钻研专利Cell。看重”

3月17日，价钱《医学病毒学杂志》（Journal Of Medical Virology）在线刊发了中国迷信院昆明植物钻研所（如下简称昆明植物所）钻研员马占山的迷信一篇论文，文章提出了一种比力病毒组（VC）的发论新算法，可能高功能地找出某一病毒组特有概况富集的文有往事网病毒种类等功能。《医学病毒学杂志》当初的严正员更影响因子是20.7，在病毒学规模排名第二。拖延

  马占山

日前，症位钻研专利马占山在接受《中国迷信报》采访时陈说了文章宣告眼前的看重故事：“2017年1月我恳求受理的专利在2022年第一次魔难中被接管了，也因此错失了宣告论文的价钱最佳光阴，但仍是很欢喜这项钻研下场可能果真宣告，我也会不断恳求专利，这次宣告的下场仅仅是这项技术钻研的一小部份。”

距离第三个博士学位“就差一篇论文”

“昔时，我不愿望他人知道咱们对于这项技术的钻研，其后也不妄想恳求专利，致使想过自己要不要拿着技术去开公司。”

马占山是这篇论文仅有的作者。他一边批注为甚么惟独一个作者，一边略有遗憾地说道：“尽管如今看来，我昔时的钻研已经不那末超前。”

“至于仅有作者原因，着实也很重大：一是我学科组人少，结业博士生少则4-5篇论文，多则10来篇，同样艰深结业时已经有通讯作者论文了。二是这篇论文的钻研措施简直惟独两总体实现，但这次宣告的论文只是该措施部份外容，此外论文还在审稿中，只是这一篇最先宣告了。”马占山批注说。

就在采访前一晚，马占山使命到清晨三点，但他的脸上看不到丝毫困倦。

马占山不光是一个“使命狂”，仍是一个“跨界”强人。他具备昆虫学以及合计机迷信两个博士学位，曾经在美国硅谷干了10年软件工程师，2010年归国退出昆明植物所后，处置合计生物学钻研。

这篇论文也是马占山“跨界”钻研的产物之一。

1997年7月，马占山在美国爱达荷大学实现为了昆虫学博士结业论文，并顺遂经由辩说取患上学位，但那篇论文当时并无果真宣告。同年12月拿到合计机迷信硕士学位，随后他投身财富界，并在2006年重回爱达荷大学，攻读合计机迷信博士学位，仅用26个月就拿下第二个博士学位。

2008年，马占山成为爱达荷大学的一位科研职员。这时，他才将自己写好快10年的昆虫学博士论文拿进去投稿，并顺遂宣告。随后的两年，马占山在昆虫学规模一流期刊上，一口吻宣告了7篇论文。“这些文章很早就开始酝酿，却迟迟未成稿。”马占山自嘲“有严正拖延症”。

昔时，马占山的合计机迷信博士论文被Springer相中，双方在2011年签定了优异博士论文丛书出书的条约，其后约定等马占山将论文内容填补美满成专著后出书刊行。“对于方至今仍在等我交稿。”马占山不盛意思地见告《中国迷信报》，这次宣告论文中间算法内容着实部署也有7～8年了。

在“拖延”的同时，马占山还在不断地学习。快拿到合计机迷信博士学位时，马占山还在反思：“要不要再拿一个金融数学的博士学位。”实际上，在那以前他已经选修或者旁听完数学业余博士钻研生的大部份必修课程，用他的话说：“距离学位就差一篇论文。”

最有价钱的专利被接管

“对于VC算法，我约莫在2016年先后就已经开始思考，昔时主要看中其运用远景，于是奔着恳求专利去了。”马占山说，“假如先宣告论文，就象征着要果真VC算法，可能会影响专利的别致性。”

恳求专利以及宣告论文博弈的服从是，马占山抉择了专利。

妨碍当初，马占山已经恳求了近二十项专利。2021年这一年光阴里，马占山学科组有6项缔造专利获授权。但令他“伤感”的是，这些年他尚有3项专利被接管，而且都是他以为最有价钱的技术，搜罗了VC算法的一部份，也搜罗了两项对于母乳菌群的技术。

“马兄，我看到美国治疗乳腺炎的指南跟你那篇论文颇为挨近，你的专利奈何样样了？”2022年，马占山收到好友——成都市主妇儿童核心病院乳腺外科主任宁平的电话。这通电话的理由因由是2017年先后，宁平等人特意并吞昆明碰头马占山学科组，只因读完了马占山学科组对于乳腺炎病因论文后颇为受开辟。

马占山无意并不在意他人的意见，在钻研天下里他不断谋求极致，这也是他良多文章在延迟10年后仍可能顺遂宣告的原因。

要比力两个或者多个病毒组，找出其特有概况富集的病毒种类是一个貌似重大的下场，但实际上是一个颇为重大的合计下场。马占山见告《中国迷信报》，相似下场在合计机迷信规模属于NP-hard下场。

马占山以推销员最长道路（TSP）下场为例，介绍了甚么是NP-hard下场。TSP下场最先提出于19世纪，推销员需要访遍N个都市，但防止一再碰头。推销员为了节约光阴，愿望取患上最长道路。假如是个位数之内的都市，小学生致使幼儿园的小同伙都可能给出谜底。但当都市削减到确定数目后，下场难度也会直线回升。

“重大说，对于此类下场，当规模大到确定水同样艰深艰深，即运用最强盛的合计机依然可能无奈取患上下场的最优解。”马占山抉择向此难题建议了挑战，乐成开拓了VC算法。

“人体肠道病毒总体数目则高达380亿，在其中追寻某个病毒堪称万无一失，太难了。”马占山说，VC算法可以为比力钻研病毒组提供一套斩新的算法以及软件技术。

愿望这一次不要再拖延

归国以来，马占山学科组不断专一于开拓基因测序软件。他见告《中国迷信报》：“当时第二代测序技术占有相对于市场，咱们与美国马里兰大学叶承羲博士相助研发了一款用于第二代测序的算法以及软件，将其命名为 SparseAssembler。软件宣告后不久，华大基因接管了咱们算法，将其昔时的旗舰软件SoapDenovo降级为SoapDenovo-II。该算法的接管可能节约合计机内存达90%。”

2012至2016年先后，随着第三代基因测序技术的泛起，马占山与叶承羲进一步相助又宣告了此外两款软件，分说为DBG2OLC以及Sparc。他介绍，昔时这两款软件大幅度延迟了测序光阴，处置先主流的多少十万CPU小时缩减到了上千CPU小时，在三代测序软件技术规模算患上上是严正突破，其中间算法为其后简直所有三代测序所接管。

2018年，马占山学科组还与其余团队相助开拓了一款技术，将第四代测序技术（Nanopore）以及10X-Genomics 测序技术相散漫，实现混合组装，可能飞腾第四代测序老本达70%。 他还提到，“这些技术咱们都恳求了专利，有些早已经授权，但显明没无意间去探究专利维权”。

谈及专利，马占山颇有感触：“我曾经就职于某芯片巨头公司，但其后发现这样的至公司也存在技术不够高精的顺境，致使还夹带良多鱼目混珠的专利。于是我抉择退出硅谷一家独创软件公司，该公司昔时靠一项专利让股票市值抵达30亿美元，但最终倒在了互联网泡沫之中。”

马占山任职过的巨头公司，是需要养活10万员工、三班倒的芯片制作商；独创公司则不一个蓝领，是一家纯软件妄想公司，良多员工来自斯坦福大学、加州大学伯克利分校等。但白领仍是败给了蓝领，概况这便是所谓世事难料。

这两段使命履历让马占山清晰，要在财富界存活，光有专利这把利剑还远不够。

“靠软件，咱们很难宣告高影响因子论文。”2018年前，马占山学科组的审核不断是B，这也让他开始为学科组的前途以及运气暗自耽忧。

于是，马占山将钻研重点转向菌群医学生态学。2019年这一年，马占山学科组迎来了小热潮，连发三篇9分以上的论文，学科组审核也从B升至A。

菌群医学生态学也为马占山赢来了另一项声誉——美国哈佛大学于2020年2月付与马占山Bullard Fellow奖，该奖始于1959年，每一年从全天下推选5～7位事业有成（mid-career）的低级碰头学者，扶助其在哈佛睁开为期一年的讲学以及相助钻研。

由于疫情，马占山出访哈佛推延到了2023-2024年度，他将在哈佛撰写一部对于菌群生态与进化钻研的专著。“他人走一遍路，我却走了两遍。”马占山感慨道，自己良多下场因种种原因耽误了在第一光阴宣告，服从在多少年后不患上再也不走一遍宣告的流程，愿望自己这一次不要再拖延。

相关论文信息：

https://doi.org/10.1002/jmv.28682